由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優(yōu)的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網(wǎng)狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數(shù)量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設備，因此對人員的素質要求比較高，人員素質跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業(yè)需要招聘的人才，并對其進行的培訓。

自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統(tǒng)的協(xié)調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統(tǒng)間協(xié)調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。

技術，采用現(xiàn)場控制總線直接通訊的方式，真正做到計算機只監(jiān)不控，所有的決策、作業(yè)調度和現(xiàn)場信息等均由堆垛機、出入庫輸送機等現(xiàn)場設備通過相互間的通訊來協(xié)調完成。
● 每個貨位的托盤號分別記錄在堆垛機和計算機的數(shù)據(jù)庫里，管理員可利用對比功能來比較計算機的記錄和堆垛機里的記錄，并進行修改，修改可自動完成和手動完成。
● 系統(tǒng)軟、硬件功能，用戶界面清晰，便于操作維護。
● 堆垛機有自動召回原點的功能，即無論任何情況，只要貨叉居中且水平運行正常時，可按照下達的命令自動返回原點。這意味著操作人員和維護人員可以盡量不進入巷道。
●智能的控制系統(tǒng)，可以實現(xiàn)真正的自動盤庫功能，避免了以往繁重的人工盤庫工作，減輕了倉庫管理人員的工作強度，同時了出庫作業(yè)的出錯率為零。

傳統(tǒng)倉庫只是貨物儲存的場所，保存貨物是其的功能，是一種“靜態(tài)儲存”。自動化立體倉庫采用的自動化物料搬運設備，不僅能使貨物在倉庫內按需要自動存取，而且可以與倉庫以外的生產環(huán)節(jié)進行有機的連接，并通過計算機管理系統(tǒng)和自動化物料搬運設備使倉庫成為企業(yè)生產物流中的一個重要環(huán)節(jié)。企業(yè)外購件和自制生產件進入自動化倉庫儲存是整個生產的一個環(huán)節(jié)，短時儲存是為了在的時間自動輸出到下一道工序進行生產，從而形成一個自動化的物流系統(tǒng)，這是一種“動態(tài)儲存”，也是當今自動化倉庫發(fā)展的一個明顯的技術趨勢。
隨著經(jīng)濟全球化步伐的加快，物流供應鏈中蘊藏的潛力越來越引起人們的注意。而物流中心則是物流供應鏈中重要的樞紐之一。它是接受并處理下游用戶的訂貨信息，對上游供應方的大批量貨物進行集中儲存、加工等作業(yè)，并向下游進行批量轉運的設施和機構。而實現(xiàn)這些功能的直接執(zhí)行機構包括：
（1） 自動倉儲設備（自動化立體倉庫）
（2） 其它貨架（平面托盤貨架與流動貨架等）
（3） 各種輸送機（輥道輸送機、鏈條輸送機、皮帶輸送機、升降移載機、提升機等）
（4） 各種分揀設備
（5） 無人臺車（AGV、RGV、LGV）
（6） 其它各種輔助設備
輸送系統(tǒng)
根據(jù)物流圖，合理選擇輸送機的類型，包括：輥道輸送機、鏈條輸送機、皮帶輸送機、升降移載機、提升機等。同時，還要根據(jù)倉庫的瞬時流量合理確定輸送系統(tǒng)的速度。
其它設備
根據(jù)倉庫的工藝流程及用戶的一些特殊要求，可適當增加一些輔助設備，包括：手持終端、叉車、平衡吊等。
五、初步設計控制系統(tǒng)及倉庫管理系統(tǒng)（WMS）的各功能模塊
根據(jù)倉庫的工藝流程及用戶的要求，合理設計控制系統(tǒng)及倉庫管理系統(tǒng)（WMS）。控制系統(tǒng)及倉庫管理系統(tǒng)一般采用模塊化設計，便于升級和維護。
節(jié)約倉庫占地面積，使倉庫的空間實現(xiàn)了充分的利用。由于自動化立體倉庫采用大型倉儲貨架的拼裝，又加上自動化管理技術使得貨物便于查找，因此建設自動化立體倉庫就比傳統(tǒng)倉庫的占地面積小，但是空間利用率大。在發(fā)達國家，提高空間的利用率已經(jīng)作為系統(tǒng)合理性和性的重要考核指標。在提倡節(jié)能環(huán)保的今天，自動化立體倉庫在節(jié)約占地資源上有著很好的效果，也是必將使未來倉儲發(fā)展的一大趨勢。
板材存儲需要用到倉庫貨架，以前多半使用橫梁式板材貨架存儲，存儲量及效率都相對較低。所以如今很多企業(yè)會考慮使用自動化板材立體倉庫貨架，以降本增效。