生物有機肥相比農(nóng)家肥的優(yōu)勢：生物有機肥完全腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。生物有機肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。生物有機肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。

生物有機肥相比生物菌肥的優(yōu)勢：生物有機肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，每噸上萬元。生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養(yǎng)分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境。
生物有機肥料是有機固體廢棄物（包括有機垃圾、秸稈、人、畜、禽糞便、餅粕、農(nóng)副產(chǎn)品和食品加工產(chǎn)生的固體廢棄物）經(jīng)微生物發(fā)酵、除臭和完全腐熟后制作而成的有機肥料。
富含多種功能性微生物和豐富的微量元素，可以改良土壤結構、可以改善土壤板結、間接的起到殺害蛔蟲卵、根線蟲的效果，對作物生長起到營養(yǎng)、調理和保健作用,讓土地吸收有機質發(fā)揮更大的效用。
生物有機肥料營養(yǎng)元素，能夠改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板結。改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力。生物有機肥料中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關系，抑制有害菌生長并轉化為有益菌。
可根據(jù)當?shù)氐脑线M行制作，如谷糠、雜草、人、畜、禽糞便、作物秸稈（切碎）、莖葉、鋸末木屑、食用菌基質殘渣和餅粕等。按原料總量：益生菌原液：營養(yǎng)劑，即300：1：1，水30-35%（視材料干濕增減水量）的比例，將益生菌原液與營養(yǎng)劑稀釋混勻后與原料混合拌勻，堆垛壓實，用塑料薄膜或帆布密封，厭氧發(fā)酵，夏季7-10 天、冬季15-20 天發(fā)出酒曲香味表明發(fā)酵成功。再者植物桿莖也是很好的有機原料，配上生物發(fā)酵劑，加點微量的過磷酸鈣，比例是原料植物桿莖1000kg:2kg:少量的過磷酸鈣，發(fā)酵265小時以后發(fā)出酒曲香味表明發(fā)酵成功。
調理土壤、激活土壤中微生物活躍率、克服土壤板結、增加土壤空氣通透性。減少水分流失與蒸發(fā)、減輕干旱的壓力、保肥、減少化肥、減輕鹽堿損害，在減少化肥用量或逐步替代化肥的情況下，提高土壤肥力，使糧食作物、經(jīng)濟作物、蔬菜類、瓜果類大幅度增產(chǎn)。
增強作物抗病性和抗逆性、 減輕作物因連作造成的病害和土傳性病害，降低發(fā)病率；對花葉病、黑脛病、炭疽病等的防治都有較好的效果，同時增強作物對不良環(huán)境的綜合防御能力?；适┤肓康臏p少，相應地減少了農(nóng)產(chǎn)品中硝酸鹽的含量。