生物有機(jī)肥中的有益微生物進(jìn)入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關(guān)系，抑制有害菌生長(zhǎng)并轉(zhuǎn)化為有益菌。

相互作用，相互促進(jìn)，起到群體的協(xié)同作用，有益菌在生長(zhǎng)繁殖過程中產(chǎn)生大量的代謝產(chǎn)物，促使有機(jī)物的分解轉(zhuǎn)化。

包括：多種有機(jī)酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長(zhǎng)，可增加和更新土壤有機(jī)質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
直至19世紀(jì)，德國的苜蓿種植者和美國的一些大豆種植者，他們利用苜蓿田或大豆田的土壤，轉(zhuǎn)移接種至新的農(nóng)田，從而使作物產(chǎn)量得到提高。
1838年，法國農(nóng)業(yè)化學(xué)家布森高（J.B.Boussingault）發(fā)現(xiàn)了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了個(gè)農(nóng)業(yè)試驗(yàn)站，對(duì)各種輪作制中作物產(chǎn)量和成分進(jìn)行了較為的分析。
生物有機(jī)肥是指特定功能微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。生物有機(jī)肥相比化肥的優(yōu)勢(shì)生物有機(jī)肥營養(yǎng)元素；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機(jī)肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會(huì)造成土壤板結(jié)。生物有機(jī)肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。
生物有機(jī)肥經(jīng)高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發(fā)生；精制有機(jī)肥未經(jīng)腐熟，在土壤中腐熟時(shí)會(huì)引來地下害蟲。生物有機(jī)肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應(yīng)，減少病害發(fā)生；精制有機(jī)肥由于高溫烘干，殺死了里面的全部微生物。生物有機(jī)肥養(yǎng)分含量高；精制有機(jī)肥由于高溫處理，造成了養(yǎng)分損失。生物有機(jī)肥經(jīng)除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機(jī)肥未經(jīng)除臭，返潮即出現(xiàn)惡臭。
生物有機(jī)肥相比農(nóng)家肥的優(yōu)勢(shì)生物有機(jī)肥完全腐熟，蟲卵死亡率達(dá)到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡(jiǎn)單，蟲卵死亡率低。生物有機(jī)肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。生物有機(jī)肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。生物有機(jī)肥相比生物菌肥的優(yōu)勢(shì)生物有機(jī)肥價(jià)格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價(jià)格昂貴，每噸上萬元。生物有機(jī)肥含有功能菌和有機(jī)質(zhì)，能改良土壤促進(jìn)被土壤固定養(yǎng)分的釋放。