生物有機肥相比化肥的優(yōu)勢：生物有機肥營養(yǎng)元素；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤板結。生物有機肥能提高產品品質；化肥施用過多導致產品品質低劣。生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單使用易造成養(yǎng)分的固定和流失。

生物有機肥相比農家肥的優(yōu)勢：生物有機肥完全腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。生物有機肥無臭；農家肥有惡臭。生物有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
生物有機肥營養(yǎng)元素，為作物提供全面的養(yǎng)分；生物有機肥有機質含量高，能夠改良土壤，改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力，緩解長期使用化肥造成的土壤板結；生物有機肥中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關系，抑制有害菌生長并轉化為有益菌，相互作用，相互促進，起到群體的協同作用，有益菌在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促使有機物的分解轉化，能直接或間接為作物提供多種營養(yǎng)和刺激性物質，促進和調控作物生長。
生物有機肥的生產工藝主要是其中有機肥從生產原料到半成品的生產工藝。在生產上主要應用的生產工藝有兩種，一種是平面條垛式堆肥工藝，一種是槽式好氧發(fā)酵工藝。此外，實驗室小規(guī)模試制還有采用密封箱/罐式發(fā)酵。
生物有機肥料是有機固體廢棄物（包括有機垃圾、秸稈、人、畜、禽糞便、餅粕、農副產品和食品加工產生的固體廢棄物）經微生物發(fā)酵、除臭和完全腐熟后制作而成的有機肥料。
以前，我們的“老農”有一句口頭禪：“種地不上糞，全是瞎胡混”、“莊稼一支花，全靠肥當家”。后來由于化肥沖擊市場，農家肥用量越來越少，有的甚至是不用。也是由于化肥開始使用時確實對作物增產起到明顯的作用，人們也就忽略了農家肥的使用。
可根據當地的原料進行制作，如谷糠、雜草、人、畜、禽糞便、作物秸稈（切碎）、莖葉、鋸末木屑、食用菌基質殘渣和餅粕等。按原料總量：益生菌原液：營養(yǎng)劑，即300：1：1，水30-35%（視材料干濕增減水量）的比例，將益生菌原液與營養(yǎng)劑稀釋混勻后與原料混合拌勻，堆垛壓實，用塑料薄膜或帆布密封，厭氧發(fā)酵，夏季7-10 天、冬季15-20 天發(fā)出酒曲香味表明發(fā)酵成功。再者植物桿莖也是很好的有機原料，配上生物發(fā)酵劑，加點微量的過磷酸鈣，比例是原料植物桿莖1000kg:2kg:少量的過磷酸鈣，發(fā)酵265小時以后發(fā)出酒曲香味表明發(fā)酵成功。
提高農產品品質、果品色澤鮮艷、個頭整齊、成熟集中，瓜類農產品含糖量、維生素含量都有提高，口感好，有利于擴大出口，提高售價。改善作物農藝性狀、使作物莖桿粗壯，葉色濃綠，開花提前，做果率高，果實商品性好，提早上市時間。
試驗證明，生物有機肥料可使蔬菜硝酸鹽含量平均降低48.3--87.7%，氮、磷、鉀含量提高5--20%，維生素C增加，總酸含量降低，還原糖增加，糖酸比提高，特別是對西紅柿、生菜、黃瓜等能明顯改善生食部分的品味。