lncRNA功能預測
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lncRNA功能預測 |
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lncRNA是當前生物醫(yī)學的熱門研究領(lǐng)域，但是由于其作用方式多樣，作用位點復雜，如果通過常規(guī)的實驗進行驗證往往費時費力，而且還存在較多變數(shù)，是目前非編碼RNA研究中的主要難點所在。目前l(fā)ncRNA的功能主要通過和特定的蛋白質(zhì)/DNA/RNA進行相互結(jié)合，發(fā)揮對靶基因的調(diào)控作用。因此，對目標lncRNA的功能預測，將大大減少我們的科研工作量，提高實驗的成功率，為發(fā)現(xiàn)目標分子的功能研究奠定堅實的基礎(chǔ)。
如果兩個分子存在相互作用，那么二者在表達上往往具有某種關(guān)聯(lián)，基于這個原理因此，我們開發(fā)了lncRNA（包括mRNA）共表達分析技術(shù)，應用于目標分子的功能預測。本技術(shù)利用不斷更新的海量數(shù)據(jù)庫（目前已經(jīng)包括6萬張Affymetrix 表達譜芯片數(shù)據(jù)及5000套TCGA數(shù)據(jù)），建立共表達分析流程，預測功能相關(guān)基因，并建立功能分類網(wǎng)絡(luò)、信號通路、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，通過對數(shù)據(jù)的深入挖掘，可獲得相關(guān)的重要蛋白及其功能和所在通路，以指導下一步的 lncRNA 功能驗證。
本服務(wù)項目提供分析結(jié)果包括：
1、表一.xls：與目標lncRNA/mRNA 具有正向和反向共表達關(guān)系的基因各500個；
2、表二.xls：共表達基因功能分類網(wǎng)絡(luò)
3、表三.xls：共表達基因信號通路網(wǎng)絡(luò)
4、圖一.jpg：蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
5、表四.xls：網(wǎng)絡(luò)元素權(quán)重分析
6、完整分析報告.pdf：包括功能預測、靶點基因、正負調(diào)控關(guān)系及相關(guān)文獻查詢結(jié)果分析。
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