進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產(chǎn)生了直接影響。生產(chǎn)工藝不成熟。現(xiàn)有成熟工藝存在著燃料穩(wěn)定性不夠或潤滑性差等缺點。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

即所有轉(zhuǎn)化過程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當(dāng)，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應(yīng)。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應(yīng)盡量不占用耕地和居民點用地，應(yīng)采用能適應(yīng)惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質(zhì)。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質(zhì)能，積累大量脂類，并能生產(chǎn)生物燃料。某些產(chǎn)油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質(zhì)，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。

20世紀70年代，美國能源部為了發(fā)展可持續(xù)能源，對微藻進行了大規(guī)模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產(chǎn)油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據(jù)估計，藻類的年產(chǎn)油量可達到每公頃養(yǎng)殖面積15000至80000升。