冷藏集裝箱商品通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因為其在采摘過后仍然能夠進行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。

冷藏集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3天。

機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設備復雜、初始投資大、維修費用高；箱內溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內需設風機、風道系統(tǒng)，會增加箱內貨物的干耗、脫水。