變更管理的系統(tǒng)性缺失
當(dāng)發(fā)生人員、設(shè)備、材料、工藝、場所等變更時(shí)，缺乏系統(tǒng)的管理流程來評估變更可能帶來的質(zhì)量、環(huán)境、安全影響，并采取必要的控制措施。變更常常隨意進(jìn)行，成為事故和不符合項(xiàng)的主要根源之一。

知識管理體系的建立與運(yùn)行
識別、保持和保護(hù)組織知識是一個(gè)新要求，也是難點(diǎn)。組織知識（如經(jīng)驗(yàn)、訣竅、失敗教訓(xùn)）大多存在于員工頭腦中，隱性知識顯性化困難。缺乏有效的管理機(jī)制，導(dǎo)致人員流失即知識流失，組織交學(xué)費(fèi)重蹈覆轍。

文化沖突與變革阻力
建立體系是一場管理變革，會改變原有的工作習(xí)慣和利益格局。固有的“我們一直這么干”的文化和既得利益者會形成強(qiáng)大的阻力，消極應(yīng)對甚至抵制新體系、新流程的實(shí)施，導(dǎo)致變革步履維艱。

追求短期認(rèn)證而非長期改進(jìn)
組織目標(biāo)急功近利，一切圍繞快速拿證展開。咨詢機(jī)構(gòu)為迎合客戶，幫助企業(yè)編造記錄應(yīng)付審核。認(rèn)證后體系工作戛然而止，未能將體系作為持續(xù)改進(jìn)的工具，違背了標(biāo)準(zhǔn)的根本宗旨，無法為組織帶來長期效益。

管理體系的持續(xù)維護(hù)與優(yōu)化
認(rèn)證證書不是終點(diǎn)，而是起點(diǎn)。難點(diǎn)在于如何避免體系僵化，建立一種機(jī)制使其能夠適應(yīng)內(nèi)外部環(huán)境的變化（如戰(zhàn)略調(diào)整、法規(guī)更新、技術(shù)變革）、持續(xù)發(fā)現(xiàn)改進(jìn)機(jī)會并付諸實(shí)施，讓體系保持活力和價(jià)值。

衡量體系實(shí)際價(jià)值的困難
管理層在投入資源后，期望看到明確的。但體系帶來的效益（如品牌提升、風(fēng)險(xiǎn)規(guī)避、效率改善、員工士氣）大多是間接和長期的，難以用直接的財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)量化。這使得體系工作在效益不佳時(shí)容易被質(zhì)疑和邊緣化。