產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒(méi)有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。雖然航空公司也會(huì)購(gòu)買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購(gòu)買量不會(huì)很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

2012年航空公司的累計(jì)碳排放量不得超過(guò)基線的97%，2013年不得超過(guò)基線的95%。在排放制度實(shí)施初期，航空公司可以免費(fèi)獲得一定比例的免費(fèi)排放配額，但免費(fèi)配額逐年減少，非免費(fèi)配額需要通過(guò)有償拍賣獲得。

生物燃料的佳解決方案即微藻，大小從幾微米到數(shù)百微米不等。它們可以地生產(chǎn)脂類、蛋白質(zhì)、多糖和其他有機(jī)物質(zhì)。它們對(duì)環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)，體積小，繁殖速度快。其中，油脂可以通過(guò)酯交換反應(yīng)轉(zhuǎn)化為生物柴油。