那時(shí)，傅熹年因?yàn)槔线M(jìn)城往家跑，沒(méi)少挨團(tuán)干部的批，說(shuō)他“貪戀資產(chǎn)家庭生活”。解釋只會(huì)招來(lái)更多的批評(píng)，因?yàn)楣诺湮幕?dāng)時(shí)被視作落后的東西，他索性就不解釋了。反正在學(xué)校里，他對(duì)當(dāng)全5分學(xué)生并不感興趣，但是重要的功課，例如課中的建筑設(shè)計(jì)、建筑歷史和基礎(chǔ)課中的素描、水彩畫(huà)，是5分。
傅熹年作品：麥積山石窟外景水彩寫(xiě)生圖。
“畫(huà)透視圖是一絕”
傅熹年之所以進(jìn)入清華建筑系（當(dāng)時(shí)叫營(yíng)建系）學(xué)習(xí)，是因?yàn)楦呷龝r(shí)讀到梁思成關(guān)于中國(guó)古代建筑和明清北京城的文章，萌生了搞建筑史的愿望。在清華時(shí)，他欽佩梁思成的鉛筆單線(xiàn)速寫(xiě)，徒手畫(huà)建筑線(xiàn)條，又快又直。他曾借到梁思成旅歐時(shí)的速寫(xiě)冊(cè)《拾遺》，內(nèi)有對(duì)法國(guó)布惹阿城堡大樓梯的速寫(xiě)等，反復(fù)臨摹。

王其明覺(jué)得傅熹年很有鉆勁兒。他是紅綠色弱，考清華建筑系前就有意識(shí)地做“預(yù)習(xí)”，畫(huà)畫(huà)知道自己哪個(gè)顏色不準(zhǔn)，就注意調(diào)整。她覺(jué)得，傅熹年被劃右派受打擊很大，但對(duì)他來(lái)說(shuō)也算一個(gè)很特殊的成長(zhǎng)環(huán)境，還收獲了知心的愛(ài)人。他劃右派后，要跟在文物出版社工作的女友分手，女友卻堅(jiān)決不改志向，他也毫不動(dòng)搖，兩個(gè)人是等他摘了帽子后才結(jié)婚的。
除了畫(huà)圖，傅熹年的文史綜合能力也有了用武之地。在協(xié)助劉敦楨編寫(xiě)《中國(guó)古代建筑史》時(shí)，他開(kāi)始用研究古建筑的手法來(lái)考察一些重要古代名畫(huà)。

有一次，啟功偶然從一個(gè)信封里找到幾張“漏網(wǎng)”的敦煌寫(xiě)經(jīng)殘片照片，與傅熹年同看，說(shuō)其中一張好，書(shū)法秀美瀟灑，毫無(wú)職業(yè)寫(xiě)經(jīng)人的習(xí)氣。
這是一篇寫(xiě)經(jīng)的發(fā)愿文。文中稱(chēng)，自己發(fā)愿要寫(xiě)三千部《妙法蓮華經(jīng)》，以為亡母“太原王妃”祈福。兩人都覺(jué)得“太原王妃”眼熟，但一時(shí)想不起是誰(shuí)。
幾天后再見(jiàn)面，啟功高興地說(shuō)，終于想起來(lái)了！武則天之父武士彟死后追贈(zèng)太原王，太原王妃即武則天的生母楊氏。但武士彟還有其他子女，不能確定要發(fā)愿寫(xiě)經(jīng)的就是武則天。當(dāng)時(shí)無(wú)法查資料，這個(gè)疑問(wèn)只能暫時(shí)擱置了。
1968年底“清理隊(duì)伍”后，傅熹年獲準(zhǔn)回到人民隊(duì)伍中，隨全院職工整體下放河南的“五七干?！?。之后，建筑研究院被撤銷(xiāo)，人員星散。傅熹年被分配到甘肅天水，在國(guó)家建委第七工程局的工程公司為技術(shù)員，再次離開(kāi)了古建。