污染物排放上，甲醇制氫過程相對清潔。與傳統(tǒng)的煤制氫相比，煤制氫過程中除了產(chǎn)生大量的 CO?外，還會產(chǎn)生諸如二氧化硫（SO?）、氮氧化物（NOx）、粉塵等污染物。在煤炭氣化過程中，煤炭中的硫元素會轉(zhuǎn)化為 SO?排放到大氣中，對空氣造成嚴重污染，形成酸雨等環(huán)境問題 。

甲醇制氫過程中產(chǎn)生的主要副產(chǎn)物是二氧化碳，相較于其他污染物，二氧化碳的環(huán)境影響相對較小，且更容易進行捕集和利用。若采用可再生能源合成的甲醇作為原料，整個甲醇制氫過程可以實現(xiàn)近乎物排放，對環(huán)境的友好性進一步提高 。

但甲醇制氫過程中產(chǎn)生的二氧化碳相對純凈，更易于捕集和利用，在碳捕集與封存（CCS）技術(shù)應用方面具有一定優(yōu)勢。與電解水制氫相比，甲醇制氫的效益特點也十分明顯。在經(jīng)濟成本上，電解水制氫的成本主要取決于電價。